「職務手当」は１人１つだけですか？

いいえ、職務は重複しても構いません。「部長手当」「○○プロジェクト手当」とか、兼務する職務をそのまま「手当」に設定します。
中小企業ではむしろいろいろな部署や役割を兼任、兼務しているのが普通です。その時期だけの役職や担当も設定することができます。